所以林丹汗从未亲自与后金作战过。
在原本的历史中，崇祯继位后，林丹汗西迁，吞并右翼诸部（哈喇慎、土默特、鄂尔多斯、永谢布等），其中一个重要目的是获得明朝给右翼诸部的“市赏”。
明朝不给林丹汗，林丹汗乃发兵进犯大同，明朝不得不恢复对林丹汗的赏赐。
后金利用林丹汗西迁之机，吞并了察哈尔本部，并于1632年大举进攻林丹汗，林丹汗闻讯远遁青海。
此后，林丹汗与明朝的关系彻底破裂，明朝甚至将林丹汗遗留的财物及部众移交给后金。
后来林丹汗与西藏藏巴汗、康区白利土司月顿多吉和喀尔喀绰克图台吉、却图汗结成“反黄教联盟”，企图东山再起，但很快于1634年去世。
即位之初的林丹汗在明朝大臣的奏文中多次被提到。
最早是在1606年，万历三十四年十月，兵科都给事中宋一韩《边事大略》奏文中称：“自酉、戌两殒大师，辽尚可言哉？所幸天厌夷种，土蛮（原指图们汗，这里指布延汗）物故，稍稍息肩。独凌丹憨新立，众虏煽惑，都会、歹青等阳顺阴逆，安能不相率响应？此辽东之情形也。”并称林丹汗为“穷饿之虏”。
次年七月，兵部尚书萧大亨上疏分析边防形势，称“幼憨嗣立，懦弱未威”。
1609年辽东巡按熊廷弼也说林丹汗“尚不能统众”。
林丹汗即位10年后，其威望与实力逐渐攀升，1612年，林丹汗率军3万入侵明朝，但收效不大。
到1615年秋，他亲率数万军队三次抄掠明边，自广宁至锦州长达数百里的战线上频繁出击，声势浩大。
明朝方面惊呼“虎墩兔憨为虏中名王，尤称桀骜”。
到1617年时，林丹汗送还了掳掠的明朝人口，并获得了与明朝互市的权利。
值得注意的是，在1615年的军事行动中，林丹汗是与内喀尔喀五部盟主卓里克图洪巴图鲁（明朝称为炒花）联合举兵的，说明内喀尔喀已经伏属于林丹汗的控制之下。
此时，他采取了一系列措施加强汗权，如兴建都城察汉浩特，意为“白城”，用《图们汗法典》约束诸部，使漠南诸部重新来向大汗朝觐。
他的理想不仅仅是加强察哈尔部的势力，更是要恢复成吉思汗的霸业。
这从他的尊号“神中之神全智成吉思隆盛汗”、“林丹呼图克图圣武成吉思大明薛禅战无不胜无比伟大恰克剌瓦尔迪太宗上天之天宇宙之玉皇转金轮法王”便可看出。
1617年，林丹汗在西藏萨迦派僧侣沙尔呼图克图的劝说下，由黄教（格鲁派）改宗红教。
萨迦派，狭义上是花教，广义上与宁玛派、噶举派皆属红教。
此时黄教在蒙古经过数十年的传播，已经根深蒂固，林丹汗突然改宗，无疑加剧了信奉黄教的蒙古诸部对大汗的离心力，对林丹汗统一蒙古的事业产生不小的阻碍。
林丹汗还没来得及将统一蒙古付诸行动的时候，东方的努尔哈赤建立后金汗国，对林丹汗与明朝均构成巨大威胁。
努尔哈赤一直在挖蒙古的墙角，努尔哈赤称汗前后，科尔沁、内喀尔喀等部便与努尔哈赤联姻。
1618年，努尔哈赤以七大恨告天，发动侵明战争，明朝则在翌年的萨尔浒之战中败北，辽东岌岌可危。
这时，明朝想到了林丹汗，早在1618年，万历四十六年九月，明朝辽东经略杨镐即提出了“制东夷在先款西虏”的策略，“东夷”指努尔哈赤的后金政权，“西虏”指林丹汗为首的蒙古诸部。
其后户科给事中应震、山西道御史冯嘉会、兵部尚书黄嘉善等大臣建议“以夷攻夷”，利用林丹汗来对付努尔哈赤，以收“渔人之利”。
不过，明朝最先利用的是靠近后金的内喀尔喀，1619年，万历四十七年七月，挟萨尔浒之战余威的努尔哈赤率军围攻铁岭，内喀尔喀中最有实力的宰赛（斋赛）率万人援明，不料抵城时铁岭已失守