但是，林丹汗辜负了北元人所寄于的期望，林丹汗统辖的北元地区，以单一的游牧经济为基础，缺乏雄厚的实力，没有强大的物质力量做后盾，他更无坚实的群众基础，诸部各自称雄，在明与后金的进攻面前，其统治区域内毫无任何的防御部署，只能实行消极的逃跑主义。
林丹汗对内对外政策的错误，树敌过多，必然使他的志向未成而报恨终身。
林丹汗继位时，蒙古汗权不振已经很久了，漠南的科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯诸部各自为政，蒙古大汗只能支配辽河套的察哈尔部，分为浩齐特、奈曼、克什克腾、乌珠穆沁、苏尼特、敖汉、阿喇克卓特和主锡惕八个鄂托克，仅被漠南诸部奉为名义上的共主。
漠北的外喀尔喀更不承认蒙古大汗为共主，而漠西卫拉特仍然与蒙古帝国为敌。
另一方面，东方的女真族正在努尔哈赤的领导下逐渐走上统一与强盛之路。
因此，林丹汗的处境非常艰难。
林丹汗即位后，面临汗权衰落、各自为政的局面，着手强化中央集权。
林丹汗把八鄂托克察哈尔分置左右各三土绵，在阿巴海哈喇山中建察汉浩特，用六万户刚健之军加以统治，把持着强势具备的朝政。
也就是说，林丹汗按照北方游牧民族传统，将察哈尔本部分为左右两翼六个区块，即阿哈固山、窦土门固山、高尔固山、哈纳固山、中军万户与阿喇克绰特万户。
除此之外，林丹汗还利用“图们法典”约束诸部。
任命永谢布部的却热斯塔布囊为大汗的代表，管理右翼三万户蒙古诸部，任命内喀尔喀炒花乌济叶特部的锡尔呼纳克洪台吉辅助大汗管理左翼蒙古诸部。
林丹汗于1617年在巴林境内的阿巴嘎哈喇山建察汉浩特，作为政治中心，令诸部首领到此朝觐、纳贡与议事。
林丹汗笃信藏传佛教，林丹汗一生热衷于佛教事业，不仅推动了藏传佛教在左翼三万户地区的传播，而且为蒙古文化作出了一定的贡献。
1604年，刚即位的林丹汗就从四世dá_lài派驻蒙古地方掌管教法的迈达理呼图克图和卓尼绰尔济等黄教喇嘛的手上，接受了格鲁派（黄教）的法戒。
1617年，西藏萨迦派僧侣沙尔呼图克图到达蒙古地区，寻找自己的支持者，林丹汗为沙尔呼图克图的法术所折服，并封他为国师，并接受深奥密乘之灌顶，于是林丹汗由黄教改信红教。
狭义上的红教仅指宁玛派，广义上包含了萨迦派和噶举派。
沙尔呼图克图为了取得林丹汗的信任，从五台山取来元世祖时萨迦派八思巴喇嘛用千金所铸的玛哈噶喇金佛，又称大黑天，为蒙元的护国神。
林丹汗在察汉浩特修建金顶白庙，将金佛供于其中。
林丹汗试图效仿忽必烈与八思巴故事，利用他与沙尔呼图克图之间的关系来树立自己的权威。
然而适得其反，这加剧了信奉黄教的蒙古诸部的离心，削弱了林丹汗的号召力。
林丹汗西迁后，召集昆噶敖德斯尔、班第达顾实、阿南达顾实为首的33名学者，在1628—1629年间翻译了108卷《甘珠尔》，并用金字抄写在蓝纸上。
林丹汗组织翻译《甘珠尔》是对蒙古文化的一大重要贡献。
林丹汗把传国玉玺和玛哈噶喇金佛、金《甘珠尔》视为三大法宝。
林丹汗在1612年与1615年攻打明朝，试图获得与明朝的贸易权，最终在1617年如愿以偿。
1618年，后金侵明，林丹汗为了获得明朝的赏银，奉行“联明抗金”的外交方针，并在1619年给努尔哈赤写了一封言辞傲慢的国书，导致与后金交恶。
不过，林丹汗与明朝结盟并未挡住后金对辽东的吞噬，1622年明朝在广宁之战败北，林丹汗的援军没起作用，此后两者间的联盟冷却下来。
林丹汗也开始实行攘外必先安内，“先