下懿旨让翁同龢告老还乡的同时，慈禧就已下定决心要废除不听话的光绪皇帝。新君的人选，慈禧还是想要一个儿皇帝，她想立端郡王载漪次子溥儁为新君，溥儁1885年出生，此时不到九岁，立个娃娃当皇帝，慈禧还可以一个人说了算，而且，溥儁的母亲是慈禧的弟弟叶赫那拉·桂祥之女，和慈禧也是亲戚。
荣禄接到慈禧太后的密旨，赶到颐和园面见慈禧。慈禧跟荣禄透露了自己心中的想法：“哀家的儿子，都长大了，不听哀家的话，这可怎么办？现在恭亲王和醇亲王都去了，哀家还能活几年？这朝中能和哀家说得上话的老臣，也就你和李鸿章了。哀家想过几年耳根清净的日子，立溥儁为帝，汝看如何？”
荣禄突然听到慈禧打算另立新君，吓了一大跳，这意味着慈禧要废黜光绪皇帝了，他看了一眼慈禧，慈禧的脸色很不好，手里数着核桃木的佛珠，她说话的语气，不像是和自己商量，而是早就决定好了。
荣禄额头直冒冷汗，他知道此时自己必须站队了，只能在光绪皇帝和慈禧太后之间选一个。荣禄知道，即使帝后的矛盾已经发展到了不可调和的程度，孱懦的光绪皇帝，也丝毫没有与当政几十年的太后分庭抗礼的胆略和力量，于是回答道：“臣只知天下有太后，至于谁当皇帝，臣不敢妄言。还有，太后真就打算放弃皇上了吗？”
“你以为哀家不心痛吗？毕竟皇上四岁就入宫，在哀家身边呆了快二十年。哀家是看着他长大，哀家苦心教导了他二十年，如今他却只相信一个外人，这怎么能不让哀家失望？怎么不叫哀家寒心呀！哀家不会让他再胡来了。”慈禧说到动情处，语气哽咽，像是忍不住要抽泣了。
在荣禄印象中，慈禧从来都不曾示弱，他跪下大声道：“臣知罪，不该提起太后的伤心事，臣一定支持太后的决定，万死不辞。”
荣禄这一番话，算是表态支持慈禧太后了，慈禧点点头，道：“你去好生准备吧，不要让哀家失望。”
荣禄问道：“臣这里不会有问题。不知道李中堂那里，太后可告知他？天津可是有大批新军。”
慈禧说：“另立新君的事，越少人知道越好。哀家还没跟李鸿章说。但想必他不会有太大意见。”
“臣明白了。”于是，荣禄告退，马上接管了九门提督的三万兵马，还有六万禁军，然后宣布京师戒严，封锁正阳门、崇文门、宣武门、安定门、德胜门、东直门、西直门、朝阳门、阜成门，北京城内此时已杀气腾腾，到处是背着洋枪巡逻的兵勇。荣禄还在天津到通州的铁路沿线布下三万重兵，以防直隶有变。
荣禄秘密安排好这一切后，变法已经进行了一段时间。慈禧又给恭亲王举行了隆重的葬礼，之后时机差不多了，慈禧太后便开始动手反击，她命李莲英带太监去把光绪皇帝叫到颐和园来训斥。
那日，京城里冷风渐起，慈禧太后先把庆亲王奕劻以及一帮“帝党”骨干大臣请到便政殿，并在自己的座前，设置了执行家法的竹杖。
光绪皇帝那阵日子，正在意气风发搞改革，干得最大的事，就是废科举，成立了京师大学堂。
没有了翁同龢，光绪皇帝倚重的是孙家鼐。孙家鼐也是状元出身的帝师，咸丰九年就中了一甲一名进士，也就是状元。他在光绪四年被慈禧太后命在毓庆宫行走，与翁同龢一起授读光绪皇帝，后累遣内阁学士，提升工部侍郎。维新变法后，他认为要振兴中华，必须要注重科学，兴办实业，“国家欲富强、民族要兴旺首先要开办学堂”。
光绪皇帝下诏推行变法，废科举，兴学堂，便命孙家鼐主办最重要的京师大学堂，研究欧美国家办学体制。孙家鼐提出“以中学为主，西学为辅；中学为体，西学为用”的主张，在京师大学堂设10门主科、10门附科。
当时的京师大学堂在景山脚下，马神庙中，没有鼓乐齐鸣，没有红毯铺地，也没有贵宾致辞、“领导”剪彩、代表发言，当时的管学大臣孙家鼐默默地率领中