蔡元培律己严而待人宽。对进德会戒律，他主张审核会员申请，“不咎既往”。就是说申请者如果以前有违犯戒律的行为，只要以后不犯，就不要追究，仍可入会。这方面的一个突出例证就是某知名教授当时已纳妾，仍申请入会，并以44票当选纠察员。
蔡元培这种不咎既往的态度，给不少有过违戒行为而又希望择善而从者，开了一扇门户。有助于人们放下包袱，积极向上，增强了道德修养的风气。
不过对已入进德会而违犯戒律者，是要受罚的。但在这方面执行起来比较难，蔡元培就曾面临困境。
比如，北大文科学长陈独秀以152票当选为进德会评议员，名高责重，后来却鬼迷心窍，走进了八大胡同，被人举报告发。
蔡元培对陈独秀十分倚重，曾联手对北大进行了大刀阔斧的改革。但接到告发，又如何处理呢？既要面对执行进德会的戒律，又要面对文科学长的去留，实在是抉择两难。
且告发者不是一人，而是几位旧派重量级人物，坚决反对新文化。他们既已抓住倡导新文化的领军人物的“辫子”，岂能轻易放过。
1919年2月26日夜，蔡元培和北大教授马夷初、沈尹默、汤尔和等，商议如何处理文科学长陈独秀，并研究酝酿北大内部体制改革。
在校长蔡元培的主导下，北大评议会议最终决议从本学期起由文、理科开始废除学长制，并呈报教育部，报备，文、理两科实行合并，不设学长，另设置一教务长统领之。
并报告各门教授会已于8日开会，选举经济教授会主任马寅初为教务长，行使原文、理两科学长职权。
这样，文科学长也就不露痕迹、合情合理地出了局、下了台，蔡元培也避免了面对旧派问责之尴尬。这足见蔡元培做人的宽厚，也有高明的领导应对能力。