而且，经过上次的海盗风波可以看出，天启还是站在他这一方的，否则他擅自斩杀张汝贞的时候就应该被夺职处理。孙越陵此时铁下一条心来，纵然是天道晦暝，世道无良，也要弹劾他俞咨皋这么一回，否则对不他的良心，对不起随他赴死的众多属下，对不起大明的衣冠百姓。
主意打定之后，整个人反而变得放松下来，孙越陵对朱钦相正色道：“既然如此，那么此事属下心中自有分寸，懂得如何去做。大人尽管放心，属下一定不会牵连大人！”说罢，作揖施礼，阔步而去，将愣愣看着他的朱钦相独自留在那里。
回到住所后，他连夜写就了一番奏折，将自己出使台湾的经过大致叙述，并着重说明了此番出使所遇到的困难并不是来自外部，而是来自于内部，尤其是来自军方的掣肘。在这篇奏折中，虽然没有明说俞咨皋，但字里行间所言诸事，无不是指向他这个一方总镇。这还不够，孙越陵还特意将俞咨皋试图拉拢他一起经营海贸的事情详加叙述，并指出俞咨皋和许心素关系非同一般，许心素之所以能够垄断海贸无法无天，背后就是俞咨皋在支持。
当这封奏疏被官差快马送往京师之际，孙越陵长舒了一口气，他不知道这封奏疏会带来什么样的影响，但他该做的已经做了，他对天启，对大明，可说是忠心耿耿，毫无二心，问心无愧。
除此之外，他还写就一封《海贸公私疏呈》上呈朱钦相，在这封奏疏中，指出了官府垄断海贸的弊病，并结合当前海事贸易的具体情况，详细说明开海禁、行贸易的必要性，官府只要加强监督和引导即可，不必约束商贩，更不能规定船引数量，一切都要任其而行，鼓励民间百姓多多参与海洋贸易。
这封文书呈上去之后，朱钦相没有任何表示，孙越陵知道事情不能强为，只能慢慢劝导和解释了，也许再过一点时间，朱钦相就能看出控制海贸带来的弊端，从而调整策略也说不定。
接下来的一段时间，孙越陵继续和6文衡一起处理“跨海开台”事宜，征召了第二批前往北港的戍民，并将他们送上了开往台湾的海船。
半个月后，郑芝龙从北港传回了消息，颜思齐终于还是死在了台湾诸罗山寨，不过在他死之前撮合了郑芝龙和颜珂的婚事，并将领之位传给了颜珂。好在这次人事变更没有引起什么其他变故，李魁奇、陈衷纪等人尽皆表态愿意向颜珂效忠。
在颜珂和郑芝龙两人的运筹下，将颜思齐原有的二十八股势力整合为十八股势力，分别在北港和热兰遮镇驻扎，并联合了当地的大肚王国，打出了大明的旗号，在台湾完全扎根巩固了下来。
这也算是他此时唯一感到欣慰的事，历史虽然还在沿着固有的轨道运行，但多少已经出现了偏差，郑芝龙手中虽然掌管着武装力量，但在北港和热兰遮镇，大明官府也派出了官员并成立了临时衙门进行治理。有大明的官员对远在台湾的民众进行管辖，就可以对郑芝龙等人起到监管作用，不虞他们脱离大明成为一方割据势力。
这日，孙越陵正端坐按察司衙门处理要务，东方胜平忽然从外闯入，手中拿着一册书稿，对着他说道：“大人，你看看这个？”
孙越陵搁下手中笔，拿过那册书卷一看，只见封面上隶书写就几个大字“东林点将录”，不由诧道：“这是什么，怎么有我东林名号？”打开一看，只见页上写着几行斥责东林党的言语，往后翻去，入眼内容触目惊心，标注的尽是东林党中的干将要员。
只见上面写着：
总兵都头领二员：天魁星及时雨大学士叶向高、天罡星玉麒麟吏部尚书**星；
正先锋一员：天杀星黑旋风吏科都给事中魏大中；
掌管机密军师二员：天闲星入云龙左都御史高攀龙、天机星智多星左谕德缪昌期；
马军五虎将五员：天勇星大刀手左副都御史杨涟，天雄星豹子头左佥都御史左光斗……
越是往后翻，越是让他怒火填胸，这是