在《西游记》一书中，孙悟空的“惹祸行凶”（大闹天宫），最后是被如来佛祖降服的。这里我们依然以孙悟空做为介体，来探讨、分析《西游记》书中如来佛祖和“须菩提祖师”之间的所产生的间接关联。
《西游记》书中的如来佛祖也就是释迦牟尼佛，在孙悟空大闹天宫时，也都属于“悟彻菩提”的人物，区别在于如来佛祖是佛教的第一大神明，而此时的孙悟空则是个妖仙。如来佛祖在书中与孙悟空的第一次交道是在第七回《八卦炉中逃大圣五行山下定心猿》中，在这一章节里，如来佛祖应玉帝宣命，来到灵霄门外。止住刀兵问孙悟空，“……今闻你猖狂村野，屡反天宫，不知是何方生长，何年得道，为何这等暴横？”孙悟空就告诉如来，自己是“天地生成灵混仙，花果山中一老猿。水帘洞里为家业，拜友寻师悟太玄。炼就长生多少法，学来变化广无边。在因凡间嫌地窄，立心端要住瑶天”。在这个颂子里，孙悟空直接告诉如来佛祖，自己是有师承的，而如来佛祖好像不以为然，也没问孙悟空的师父是谁，也没有在孙悟空有师父的问题上有任何言辞，不过此时的如来佛祖似乎已经认出孙悟空是“悟彻菩提”的人，在和孙悟空的争执当中，如来佛祖就劝告孙悟空，“……趁早皈依，切莫胡说！但恐遭了毒手，性命顷刻而休，可惜了你的本来面目！”而孙悟空不听劝告，非要和如来赌斗，结果如来佛祖也没让孙悟空的“性命顷刻而休”，而是弄了个“五行山”把孙悟空压住，召一尊土地会同五方揭谛，把孙悟空监押起来。让他饥食铁丸，渴饮铜汁。还吩咐监押孙悟空的土地神祗、五方揭谛，“待他灾愆满日，自有人救他”，可谓是网开一面。
在这里面有两条比较含蓄的线索，可以旁证我们关于《西游记》中“须菩提祖师”就是“菩提圣树”认定。一是如来佛祖看出了孙悟空（悟彻菩提）的“本来面目”；但没有明说，没有明说的原因与“禅者静也”（不需要说）和政权体系高于宗教的封建正统理念（不能说）对作者的影响相关；二是如来佛祖对孙悟空的劝告和网开一面，我们也能看出这种惺惺相惜的感觉，毕竟都是“悟彻菩提”的人了。如果说我们对这两条比较含蓄的线索是想当然地解读的话，那么在后面的章节里，我们就可以从两条比较含蓄的线索里看到这种近乎直白的暗喻。在第八回《我佛造经传极乐观音奉旨上长安》中，如来佛祖降服了孙悟空，辞别了玉帝后，回至西天的雷音宝刹，面对迎接他的佛门大众神明，如来佛祖有一个颂子道：“我以——甚深般若，遍观三界。根本性原，毕竟寂灭。同虚空相，一无所有。殄伏乖猴，是事莫识。名生死始，法相如是”。
如来佛祖以这个颂子，明确地告诉佛门的大众神明，他是动用了很大的智慧法力，遍观宇宙三界。（孙悟空的）来历和秉性所在，毕竟同属于寂灭门中（佛门）。同虚空相（佛门相），一无所有（还是佛门相）。降伏这只伶俐的猴子，需要做的是事情而不是展露智慧和见识（与道教的神明和神明中的权力体系打交道，理念不同，智慧和见识自然不需要展露），（孙悟空这只伶俐的猴子大闹天宫）表面上是为了争得（世俗人们那样）的yù_wàng，实际上是进入寂灭门（佛门，佛教语言中所称的“寂灭”不是“死亡”和“灭失”的代称，寂是寂静，灭是灭除烦恼妄想，对于修行的人，如僧尼而言，是指在绝对的寂静中修行，才能进入不生不灭中去。故佛教修行者之死通称为“寂”，修行者通过使用人体这种“灵魂”载体修行；载体死亡之后，“灵魂”进入“涅槃”境界成就为神明而“不生不灭”。故也有“寂灭成真”之说。佛教语言中的“死”有时也做“寂灭”的代称）中的开始，看其法相就是这样的。
如来佛祖是“悟彻菩提”的神明，所以孙悟空直接告诉如来佛祖自己有师承后，如来佛祖没有再追问孙悟空师父是谁，这其中并不是如来佛祖不想知