李世民为《晋书?宣帝纪》作史论，指出了司马懿在性格、军事、政治等多方面的矛盾或曰不平衡。
何去非对司马懿的忍耐、气度和用兵能力，都给予分析，不与诸葛亮正面对战并非胆怯，而是高明的耗敌军之策：
“仲达提秦、雍之劲卒，以不应而老其师者，岂徒然哉！将求全于一胜也。然而，孔明既死，蜀师引还，而仲达不穷追之者，盖不虞孔明之死，其士尚饱，而军未有变，蜀道阻而易伏，疑其伪退以诱我也。
“向使孔明之不死，而弊于相持，则仲达之志得矣。或者谓仲达之权诡，不足以当孔明之节制，此腐儒守经之谈，不足为晓机者道也”。评其“制其兵，出奇应变，奄忽若神，无往不殄，虽曹公有所不逮焉”（详见《何博士备论?司马仲达论》）。
司马懿在世的时候，在魏国威望是相当之高的，即使毋（gua
）丘俭、文钦在其死后讨伐司马师，檄文中依然对司马懿有“故相国懿，匡辅魏室，历事忠贞”等赞誉。史书上称其使“天下欣赖”“天下大悦”。
到晋朝初年，司马炎在太康年间做到了“天下无穷人”的太康之治，人们对推动三国统一的司马懿还是相当推崇。乃至司马遹（yu）被传像司马懿，而能在当时“誉流于天下”。
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司马懿的名声毁败，是从永嘉之祸以后开始。其不肖子孙自相残杀带来诸多浩劫，南方的东晋，又长期被世家大族把持，司马懿在人心中的地位也逐渐下降。
晋室南渡，情况与当年蜀汉类似，以蜀汉为正统的呼声日高；东晋灭亡后，情况更加明显，到隋唐时代，民间说书戏曲日盛；而唐代官修的《晋书》，以帝王的立场更不鼓励效法。到明代《三国演义》之后，“空城计、火熄上方谷、见木雕魏都督丧胆”等不实的司马懿形象就被演义广传于民间了。