至于赵贞吉跟高拱的矛盾，其实隆庆知道得比高务实还多一些。
去年下半年俺答汗入寇山西，大同总兵赵岢救援不利，但当时的宣大总督陈其学因为赵岢的举动其实是奉他的命令而行，所以反而报捷，把俺答自行退却说成被赶走，结果被御史燕如宦所弹劾。
赵贞吉的脾气并不是如某著名历史正剧所刻画的那样油滑奸诈，其实他个性一直都很刚直，甚至有些蛮横，听了这个消息就欲重罚陈其学、赵岢等人。
但兵部尚书霍冀认为不应该重罚，他认为陈其学和赵岢在这件事上问题不大，因为陈、赵等人之所以救援不及时，的确是因为担心皇陵被侵，于是仅议贬秩。
赵贞吉因此大怒，上疏说：“边帅失律，祖宗法具在。今当事者屈法徇人，如公论何？臣老矣，效忠无术，乞赐罢。”
他刚上任就乞归，皇帝当然不许，反而加太子太保。
近来赵贞吉又以先朝禁军列三大营，营各有帅，今以一人总三营，权重难制。因而极言其弊，请分五营，各统以大将，稍复祖宗之旧。皇帝觉得也好像有些道理，就命兵部会廷臣议。
不料兵部尚书霍冀因为上次这件事就与赵贞吉的观点不和，颇有些不以为然，说强兵首先在于择将，而不在变法，并举例戚继光、马芳等人。于是霍冀等乃上疏说，三大营宜如故。惟以一人为总督，权太重，宜三营各设一大将，而罢总督，以文臣为总理。皇帝觉得也有道理，于是暂时按照这个办了。
这么一来，事情就很明白了：霍冀、陈其学二人的政治立场是偏向高拱的，赵岢更是高拱“门下走狗小的赵某”，你赵贞吉一上台就算要拿高拱的人开刀，可我霍某人得罪你哪里了，你第一刀就砍到我兵部头上？我就那么好欺负？
结果就是高拱还没啥明确反应，霍冀反而先跟赵贞吉杠上了。