林凤统率的部众，有战士、水手各2000人，妇女1500人，还有几百个农夫与技工。船上携带的，除了武器、粮食外，还有牲畜、农具和种子。
从其赴菲船队所携带人员、物品可以看出，林凤赴菲在相当程度上具有移民性质。
万历二年(1574年)冬，由于官府的打压与新兴的京华舰队逼迫，林凤从台湾出发往吕宋时，事为明廷所悉。官府记载：“……为官兵所逐，凤因奔外洋，攻吕宋玳瑁港，筑城据守，且修战舰，谋胁番人，复图内逞。福建巡抚刘饶诲遣人谕吕宋国主，集番兵击之，战舰烧毁，贼众大乱”。
这其中提到的“福建巡抚刘饶诲遣人谕吕宋国主”，即大明第一次与西菲的官方交涉。
1575年5月，潮州把总王望高率领战舰二艘，由泉州出发，来菲追缴林凤。当他得知西军已在围攻林凤，即转抵马尼拉与西菲官员会晤。双方协商的结果是，西菲当局捕获林凤后交与王望高，而作为交换条件，王望高则携西班牙传教士随船回国，要求通商及传教。
1576年2月，王望高再度出使菲律宾，一是为准予以厦门为口与其通商(但不是西班牙船只入厦门贸易，依旧是大明固有的本国商人从厦门出发赴菲律宾贸易)，再则为将“林凤生擒回去”。
当他得知林凤已逃后，要求西菲总督与他一起捏造林凤已死的伪证，但遭到西班牙人拒绝。然而，他回国后仍虚言上报，即如福建官员上报朝廷报告中称：“把总王望高等以吕宋夷兵败贼林凤于海，焚舟斩级、凤溃围遁，复斩多级，并吕宋所赍贡文方物以进。”
这样一来，《明实录》中也便有了对此事的记载，说万历四年九月辛亥，记礼部议赏吕宋番夷平林凤功。
至此，中菲关于林凤事件的交涉告终——大明还嘉奖了老实听令、出兵助剿的西班牙人。
虽然事情本身显得有些古怪甚至搞笑，但林凤事件意外打击了西班牙殖民者企图远征中国的妄想，因为“林凤征菲无可避免的会在西班牙人的脑海中留下一个印象，一个在中国被逐的海贼，尚有力量几乎攻陷马尼拉，中国的实力显然是不可低估的。”
这也是西菲当局殖民统治第一次受到华人威胁。于是此后西菲当局对华人有所警惕，1575年来菲就任的总督即在马尼拉大兴防御工事，建设炮台棱堡，以图固守。
而在这之后的时间里，中菲海上贸易继续发展，寓居马尼拉的华人人数出现激增。据此战过后高逸民在马尼拉传教士处获悉：“1584年一年内，由中国来菲的大船竟有数十艘之多，中国商人随之南渡者有四千人以上。”
据今年六月(1588年6月)战争爆发前，马尼拉最高法院audencia给卡斯蒂利亚国王腓力二世的报告，就说到“马尼拉市的华侨人口已将近两万名，散居各省者还不算在内。”
随着“无敌舰队”攻势受阻(指出征前先被德雷克奇袭而烧毁不少船只那一次)，西班牙国内收紧了力量，而此时在菲华人数量和经济力量的迅速增长，使西菲当局感到有些恐慌。
华人已经数倍甚至十倍于西班牙人，并已垄断了几乎所有日常商业贸易，这一落差使得西菲当局对马尼拉华人开始进一步采取警惕防范态度及限制约束政策。
此前的1582年时，西菲当局就强迫马尼拉所有华人集中居住于马尼拉城北与巴石河间的拘留地，称为“帕利安”。
此后，华人贸易、行动均受相当限制，而从郎吉略·培尼亚罗萨总督时起，华人被征从事苦役，并在此后成为定规，凡有远征及重大工程，华人都在被征之列，西人对服役华人，则如对待奴隶一般。
这种情况在北洋舰队远征并取得压倒性优势之后，终于激起了一次事变：
“万历十六年(1588年)七月初，(远征)大军海陆双围马尼拉，夷酋德