这就坏菜了，隆庆帝本来脾气很好，结果看了之后都勃然大怒，给石星宸断了一个“讪上罪”，处以六十杖刑，贬斥为民。
作为帝师的高拱当时虽非首辅，但按照一般情况来看，他是可以并且通常应该出面维护一下石星的，谁料石星的那奏疏里还带了点隐含的指责，仿佛是说隆庆帝如此不堪，高拱这位帝师当负全责。
高拱本来以为这只是石星搞不清状况，想忍下来，谁料门下弟子一查，发现根本不是这么回事。
实际情况是什么呢？是徐阶当时操控言路和高拱斗法，石星虽然本来不是徐阶的嫡系，但他作为年轻言官，在众口铄金之下真的以为高拱就是徐阶口中的不识好歹、恩将仇报之辈，于是愤而上疏，明着骂皇帝，实则骂高拱。这一下子就把高拱惹毛了。
高拱的脾气本来就不好，又正值与徐阶斗法的紧要关头，石星这毛头小子自己跳出来做炮灰，高拱可不就干脆成全他得了？于是高拱也就不再顾及石星什么“北榜后进”，更不考虑提携一把，直接了当地在皇帝的降罪圣旨上附署了。
于是石星挨了六十廷杖，当场罢官，贬斥为民。
想想看一位书生在正常情况下挨六十廷杖是什么概念——二十廷杖认真打就足以打死人了，石星挨了六十廷杖，居然只是昏迷过去。
其实这是当时高拱给时任司礼监掌印大太监孟冲打了招呼，让他安排一下，教训一下可以，不要出人命。孟冲是高拱推荐上位的，自然不敢违逆高拱的意思，这件事干得很漂亮。
再说石星本人，他在同乡好友穆文熙的护持下，经过一昼夜的照料总算苏醒过来。
此时石星本以为自己应该是徐阶眼中的可朔之才了，谁知道徐阶那边一点反应都没有，根本就当没这回事。
石星得知消息，当场凉了半截腰，差点气死。不过他那时的确很有脾气，虽然重伤在身，也不肯在京师逗留，与穆文熙两人同舟回归故里。高拱后来自己被徐阶整懵，回乡一年多才回京，回京后以阁臣兼天官，忙得不可开交，也就把石星给忘了，没想起来在徐阶倒台之后给石星平反什么的。
时间到了隆庆六年六月，隆庆驾崩，万历即位。吏部按照习惯提出起用隆庆年间因言获罪的官员，石星名列其中，高拱看了才想起他，不过没有阻拦，因此石星得以官复原职。
同年八月，石星抵京，此时高拱早已气消，反而还“补偿”了石星一下，让他由原官给事中晋升为尚宝司少卿。
万历二年八月，石星因为此时已经磨平了棱角，又知道了徐阶当年与高拱之争的内情并不是他所想象的那样，对高党的态度开始出现变化，于是由尚宝司少卿改任大理寺右寺丞，不久又升为大理寺左寺丞。
这当然是高拱的意志体现，因为尚宝司是个清水衙门，但级别还可以，高拱把石星放在尚宝司，一则是从品级上补偿一下，一则也是观察一下石星的态度。如果石星还冥顽不灵、死不悔改，高拱当然也有办法整治。
不过既然石星已经“知错”，高拱当然还是秉承提携后辈的原则，又用了他。
然而，之前的打压对于石星来说或许并不能完全释怀，他此后虽然从整体上偏向实学派，但个别时候也不完全站在实学派一边，尤其是在高拱去世之后。
比如说他在兵部的时候就曾经弹劾过时任辽东巡抚的高务实：当时高务实计杀叶赫二贝勒，石星弹劾他擅起边衅。石星认为叶赫的事情根本没到需要用这种方式杀人的地步，高务实这一杀有“不教而诛”之意。
这道弹劾没起什么鸟用，朱翊钧既没有同意，但也没有直接处理石星，只是把弹章留中了。
这事高务实是知情的，不过他知道朱翊钧当时的意思：石星整体来说干得还不错，只是他当初被打压了一番之后，虽然偶尔还会有些书生意气，但在大政看法上却似乎有些转向“鸽派”，出了名的不喜欢看见“不必要的战争