幕府衰退的重要标志是对地方领国的控制力大大衰弱，许多领国自应仁之乱结束就再也没有任命过守护，守护空缺**十年意味着许都领国缺少正统合法的权威，此时再出现将军被杀的局面，就很难再重现当年几位管领找幕府重臣以及几个有力守护一商量，就把拥立将军的事情给办下来的顺利景象。
忽然间京都的民众发觉幕府将军难产，不是因为幕府找不到没有合适的继承人，而是这个合适的继承人刚刚参与谋杀兄长的恶毒之事，人们不能接受一个道德有严重瑕疵的将军，这样的将军更加不能让天下的武士感到安心，更不用提关东那条巨龙的态度。
面对这种不利局面，足利义秋感到非常焦急，原定计划是足利义辉主动认他做养子，然后顺顺当当的接任将军并把兄长送到寺院里“隐居”即可，却不想闹出这么大的恶事让人痛苦不堪，但是事情还是得做，大病初愈就急忙找到朝廷申请征夷大将军。
身为关白的近卫前久毫不犹豫的拒绝他的请求，理由是朝廷不能接受他这个杀兄弑君的新将军，别说征夷大将军不能给。就是左马头也不能给他。这是当着满朝文武的面前红果果的一巴掌抽在足利义秋的脸上。让他顿时就记起自己嫂子就是近卫家的女儿，近卫前久这个混蛋迎娶的恰恰就是足利义时的妹妹，恨屋及乌就把他也给恨上了。
近卫前久不给面子，那就想办法把这个关白给撵下台，于是足利义秋就找到二条晴良告诉他自己的打算，二条晴良早就想夺回关白之位，于是两人一拍即合同时在朝廷和京都发难，足利义秋把近卫御所给围住。污蔑他窝藏杀害将军的案犯，强行要索拿人。
他们自己弄死足利义辉，再贼喊捉贼血口喷人的污蔑，当然是抓不到任何案犯的，一大群武士大剌剌的在近卫御所转了一大圈没抓到人，却不忘顺势掳掠近卫家的金银珠宝作为“矢钱”缴纳，这笔“矢钱”足有两万贯之多，乃是足利义时历年赠予以及近卫家商屋的盈利，就这么被一帮粗鲁的武士给劫掠一空。
近卫前久气的浑身发抖，万万没想到足利义秋竟然这么狠毒。更糟糕的是他的父亲近卫稙家给气的发病了，被这一帮恶徒闯进家里搜罗金银珠宝作为“矢钱”给气的脑中风。在家里渡过三个艰难的夜晚还是死掉，这比血债又被记载足利义秋的身上。
足利义秋已经决定清理他兄长足利义辉留下的关系，才不会在意近卫家和他有多少亲戚关系，就趁着近卫前久家中治丧的机会，联合二条晴良参他一本妄议幕府毁谤将军，逼迫在家守孝的近卫前久辞去关白左大臣的职务，二条晴良也顺势再次担任关白。
接着足利义秋以“秋”字不吉为由舍弃其名，并由二条晴良亲自主持元服仪式，正式改名为足利义昭，并邀请朝仓义景担任梳发加冠役，正式表明即将继位征夷大将军的野心，当他完成这一套复杂的程序，已经是六月底的事情，而此时京都的舆论变的越发对足利义昭不利。
畿内的舆论上至朝廷公卿，下至贩夫走卒黎明百姓，都认为是足利义昭害死了自己的兄长，这个舆论氛围很快传导扩散到天下，对即将登位的足利义昭是非常不利的，在这个过程中，三好家起到非常恶劣的影响。
上洛拥立将军就是他们想出的歪招，永禄大逆惹出这么大的动乱，罪责当然要归咎于三好家的头上，即使这种情况之下，三好家还敢在京都欺行霸市肆意破坏商业秩序，随意的敲诈勒索豪商，甚至纵兵抢掠京都的商旅，像一群盗匪恶徒在京都里招摇过市横行霸道，这些都对足利义昭的名声起到至关重要的恶劣作用。
归根结底这还是三好家高层掀起内乱，波及整个阶层的动荡让三好家