尚书省设在府外，长官为尚书令，副长官左、右仆射。仆射之下有左右丞、左右司郎中、员外郎、负责都省职事，总领六部。主要有蒯良，鲁肃等。
六部各部长官称尚书，副为侍郎．各司之长为郎中，副为员外郎，分别负责贯彻各种政令。他们对中央担任具体事务的九寺三监（或五监）及地方上的州、郡、县官有领导、监督之权。
“中书取旨，门下封驳，尚书奉而行之”，是三省分工原则，从而彼此制约，以掌管国家大政。三省长官为宰相，台议军国大事于政事堂。用来加强中央集权的调整和补充。
理论上，刘琦是实习的军政分离的政策。但是战乱年代，又是一个人同时处理一个地方更有效率。所以刘琦赋予一个人两个职位，来处理这个局面。但是不会设立一个职位同时能掌握所有权力，避免以后的地方割据势力横行。
勉强设立了三省六部的模型，刘琦就急忙离开了。快过年了，刘琦快马加鞭，急忙回到荆州，原因只有一个他的妻子蔡玉怀孕了。其实临战之前刘琦就刻意的想要孩子了，前两是因为蔡玉还小，怕生出个弱智了。现在刘琦也老大不小了也该有个孩子了。也让忠于刘琦的臣子有个盼头。
让诸葛亮自己相机行事，刘琦带着步练师同陆逊，刘磐等数百护卫先行一步了。蒯越自领大军五万随其后。江东百废待兴，人口锐减。实在拿不出兵马防守，刘琦只好留下四万荆州兵马，用来抵御曹操。江东虽被攻下，可现在对于刘琦来说，只是个累赘，起码十年之内是这样的。
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