建文四年的春节，按照传统，朱允炆召集嫔妃、藩王在慈宁宫办了家宴，同时为太后庆寿。从这一年开始，朱允炆恢复了藩王三年一朝的祖制，只召集了楚王、湘王、宁王、代王等几个王爷来京参加家宴，其余藩王自便。
从建文三年开始，朱允炆逐步加强王府长史的权力，规定长史三年一任，不得连任；同时削弱藩王对军队的控制，他用写私信的方式让藩王遇事多与当地都司商量，不要自作主张，这样虽然藩王参与了大部分的决定，但在藩王的所作所为，朱允炆都是看得到，控制的了的。久而久之，大部分藩王都很知趣，逐渐称病不理军务了，开始了给当地官员打小报告的新生活。
成为储君以来，朱允炆就一直在折腾，一直在打仗，从洪武末年的漠北之战、即位之后的燕王之乱、开发辽东、归化女真、建府乐浪等等，这五六年来，大明军力损失接近五十万，已经是强弩之末了，加之国库空虚，迫切需要休养生息。
所以朱允炆改变了策略，除辽东仍在清剿、归化女真人之外，陆地上极少用兵，但水师却作战频繁，主要是为了肃清海盗和倭寇。
在得到济州岛后，大明获得了一条沿朝鲜半岛南岸前往倭国的商路，商人一般从大连或登州上船，前往平壤，然后越过江华湾，到达济州岛，再越过对马海峡，到达倭国的九州和本州进行贸易。大明的丝绸、瓷器、玻璃、铁器等等物品在日本很受欢迎，这样日本的白银就大量的流向大明；同样日本商人也可以在平壤、大连、登州等海关进行贸易，获取大明的铜钱和银票。
对于南方，自从在台湾岛上分封了代王、台王，台湾也逐渐繁华起来，台湾和福建沿海的贸易越来越发达，台湾岛上有大量的白糖，但其他物品短缺，这促进了双方的贸易，这条路线坐船不过一日夜即可抵达，所以对双方来说，如同隔壁一般，所以贸易量非常大，而台湾的面貌也飞速改变，逐渐有商人、百姓主动迁往台湾，进行贸易和生产，这让朱允炆很是欣慰，因为弟弟台王允熥的抱怨越来越少，太后慢慢也不埋怨朱允炆了，甚至建文五年，太后吕氏还去了一次台湾，亲自检查了一下台湾的环境，结果非常满意。
随着贸易的发展，台湾逐渐变成了沿海客商前往南洋的中转站，他们会在台湾补充淡水和食物，前往南洋，即马来群岛，后世的菲律宾、马来西亚、印度尼西亚等地。大明商人贸易的目的主要是为了获取香料，如胡椒、丁香、肉蔻、肉桂等，卖出的主要是瓷器、丝绸、玻璃等物。
还有一条线路，则是从广州出发，沿海岸线前往安南，这样崖州（海南）也逐渐成为一个落脚点，促进了广东、广西的经济发展。
另外由于海盗仍然猖獗，加之海商出门在外，境外的土司、蛮夷很容易见钱眼开，有不轨的行为。所以经过慎重考虑，朱允炆允许海商拥有防身武器，所有武器尤其是弓箭、弩箭、火枪等武器必须在兵部报备，在通过海关时还要主动出示，否则一旦查出，立刻没收，并追究商人的责任，数量巨大的以谋反罪论处；另外大型海商出海，可以向水师要求护航，不过同样需要兵部核准。这样做有两个目的，一个是保护海商，另一个是让水师熟悉海外环境，同时刻画海图。
朱允炆对海洋的开放态度极大的促进了海贸的发展，但不仅仅如此，他还要求海商在行商时注意收集一些特殊的粮食和植物种子，朱允炆最希望获得的是橡胶，如今蒸汽机的研究已经比较成熟了，但是密封问题却一直没有好的办法解决，这样不仅危险，还造成了大量的能源浪费。没有蒸汽机，就无法加工更精密的零件和仪器，工业大发展就无从谈起。
朱允炆不仅需要橡胶，他还希望能够找到玉米、土豆和红薯之类的种子，所以他号召海商不仅要向南航行，还要向东航行，但是效果不佳，几乎没有海商愿意向东。
最后朱允炆发了狠，动用皇帝的权力派出水师去完成这个九死一生的任务。为