万历四十八年，明神宗死去，朝廷宣布撤掉一切矿监、税使，过去因反对矿监、税使而被处分的官员也酌量起用。至此，反对矿、税之弊的斗争以取得一定程度的胜利而告一段落。由于东林党人开放言路指责朝政，触动熹宗时专权的大太监魏忠贤，魏忠贤开馆纂修《三朝要典》，在霍维华的基础纂辑万历、泰昌、天启三朝有关梃击案、红丸案、移宫案三大案的档案资料，打击东林党，同时造编《东林点将录》等件报朝廷，天启五年，明熹宗下诏，烧毁全国书院。次年，东林书院被拆毁。东林党人也遭到打击，杨涟、左光斗等许多著名的东林党人都遭到杀害。当时，以“萨英”、顾宪成、为主的一大批东林党人修复了宋代杨时讲学的东林书院，并与高攀龙等人在书院讲学谈政，“讲习之余，往往讽斥朝政，裁量人物”，其言论被称为清议，形成了广泛社会影响。“三吴士绅”、在朝在野的各种政治代表人物、东南城市势力、闽越、黔贵、湘赣、江浙等江南各地方实力派，一时之间都聚集在以东林书院为心的东林党派周围。时人称之为东林党。与东林党政见不合的是内阁大臣王锡爵、沈一贯、大内总管魏忠贤与之的斗争水火不容，持续了三十多年之久。当时“萨英”本人与内阁大臣王锡爵、沈一贯、大内总管魏忠贤(自称九千岁)不和，几个人政见不一，势同水火。
明末党争始于所谓"争国本"。"国本"，指皇帝的继承人。国本之争，是围绕于朱常洛为皇帝继承人的问题而展开的。
明神宗的皇后多年不育，皇长子朱常洛(后来的光宗)是妃子王氏生的。万历十四年，朱常洛五岁时，神宗的宠妃郑氏生下皇三子朱常洵。按照封建礼制的"有嫡立嫡，无嫡立长"，应当立朱常洛为太子。但是神宗宠爱郑氏，不仅封她为贵妃(常洛的生母王氏未封贵妃)，还想立朱常洵为太子。内阁大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等虽然也主张依制立长，但他们怕触犯皇帝，有时态度暧昧。许多朝臣包括后来属于东林党的一派人，一则认为应该依制立储，二则深恐郑氏家族窃权，纷纷书，坚决要求尽早立皇长子常洛为太子。立长是名正言顺，神宗不好公然违反"祖制