加持已经想好了借口，就说在杜兰入侵基地的时候，自己先跑了，带出来钥匙。想必碇源堂也不会怀疑，等自己知道了真相，到时候也就不用理会杜兰了。
咻，喷气战斗机从甲板垂直起飞，直接飞走。
当碇源堂听说杜兰只靠三个人就占领了一个有上千人驻扎，上百安保人员保护的伯大尼基地的时候，他是满脸不相信，但事实就是如此，杜兰真的把seele引以为傲的基地给占领了。
碇源堂不由想到难道这也是杜兰的计算？他从一开始的目标就是伯大尼基地？所以自己把杜兰送过去，就是按照他的意愿行动？自己被算计了么？一直以来都是碇源堂算计别人，从来没人说有人能算计自己的。这次伯大尼被攻陷对seele无疑是一个巨大的打击，虽然钥匙还是按照计划到手了，不过情况似乎并没有这么顺利，太过节外生枝了。
seele很快也知道了基地被攻陷、五号机被夺走的严重问题，这种事情不可被原谅，他们愤怒地质问加持：“三个人？三个人竟然就能攻陷我们花费无数人力物力打造的，配置了大量军械的高端研究基地？那如果有三百个人不就是可以把我们seele一网打尽了么？我们不相信杜兰真的这么神奇，难道他和他的人有三头六臂不成？”
面对seele的责问，加持也只是如实禀告能说的部分，其他的他不便多说什么。
“我们会夺回基地的。”最后seele愤怒地切断了联络。
杜兰不见了，历史老师换了一个陌生人，碇真嗣心里空落落的，没有人开着吉普车追杀他，也没有人强迫他学习各种各样的数学知识，以前他觉得自己很讨厌这些训练，但等到结束之后才明白其实这些训练都是杜兰的关心。
绫波丽因为没有及时上报杜兰在零号机内的事情被关了好几天紧闭，回来之后更加沉默了，她也会忍不住怀念杜兰这个特立独行的老师。甚至其他学生也一样怀念杜兰，因为新的历史老师又只会照本宣科。
“杜兰老师到底去哪了？”碇真嗣和两个死党讨论，都没有结果：“我去工厂看过了，工厂已经人去楼空，他们好像就从来没有出现过一样。”
剑介说道：“我在网上查询了一下，发现一些很快大的就要来了。”
“大的要来了？”碇真嗣表示什么大的？
铃原东治也是一脸疑惑。
“具体的我也不知道，总是seele这段时间有大规模的军事动员，还调动了一批旧式的海军，舰队浩浩荡荡地离开了港口，都被人拍摄下来了。我怀疑seele的动向就和杜兰老师有关系，不然为什么他刚不见，seele这么快就有所行动？”剑介开启了联想，显然是对杜兰很有自信。还真被他猜对了，这次seele的行动还真是为了夺回伯大尼基地。
碇真嗣却说道：“可老师为什么不和我们说？他没必要瞒着我们，他不是经常说为了大家而努力的人不需要有所隐瞒么？”
“我看这次他也是被动的，毕竟之前老师是被神经元抓了，鬼知道神经元对老师做了什么。”剑介是百分之一百支持自己老师的，认为这次不是老师的错，而是神经元的错。
碇源堂也知道seele的这次大规模军事行动，心想也好，正好试探一下杜兰的底线。
这个时候加持也知道了情况，心想杜兰这次可是要倒霉了，不过算了，自己还是继续在第三新东京寻找真相吧。碇源堂已经把部分真相给了加持，让他知道了人类补完计划，但具体如何执行是不可能告诉加持的，所以加持必须自己想办法去寻找中央教条，寻找人类补完计划的核心内容。
老实说加持在得知这些内容之后确实非常震惊，随即就笑了起来，因为太荒诞了。他知道了人类也是使徒，只是因为人类和使徒拥有不一样的能力，所以人类无法维持使徒那样的一体性，被分裂成为了数十亿万的个体。
但根据《死海文书》记载，人类也是使徒，只是形态不同。所以人类的使命和使徒是一样的，那就是融合。十五年前就是一次不成功的融合