在回程中，这些大帆船运回墨西哥产的银元、银锭、可可子、羊毛等土特产。
由于亚洲产品价廉物美，在美洲曾一度排挤了西班牙产品。
国王菲利浦二世为了保护西班牙商务，于1593年下令限制马尼拉大帆船贸易，规定到墨西哥的大帆船每年不得超过2艘，每艘载重不得超过300吨。
由此，马尼拉大帆船贸易进入了持续两个世纪的商业限制时期，18世纪下半叶，西班牙经济凋敝，被迫开放马尼拉港，大帆船贸易日趋衰落。
月，西班牙王室下令废止大帆船贸易。
历时250余年的大帆船贸易促进了太平洋两岸的经济文化交流，通过贸易，美洲的玉蜀黍、烟草、花生、西红柿等作物传入中国和亚洲。
东方文化特别是中国的工艺美术对美洲文化产生了巨大的影响。
从经济上看，马尼拉是17世纪下述两大重要经济活动的交汇点：一个是西属美洲银矿出产的白银大量流入，另一个是华人们的门类齐全的制造业的商业企业。无论是哪一年，都会有一两艘西班牙大帆船，从阿卡普尔科穿越太平洋，把美洲出产的白银运到马尼拉，以购买中国丝绸、中国和印度的棉织品，以及美洲需求量甚大的其他精美消费品。
西班牙人轻蔑土著，却拿头脑灵光的华人没有办法。
基于经济上的考量，他们不得不利用华人擅于经商的长处，为他们提供日常用品，也牟取庞大的利益。
西班牙占领菲律宾以后，从明朝运去的棉布很快就成为当地土著居民的生活必需品。
1591年西班牙的菲律宾总督发现，当地土著居民因为使用中国衣料，不再种棉织布，所以下令禁止土著居民使用中国衣料丝绸、棉布。
1592年，这个总督报告西班牙国王说，大明国商人收购菲律宾棉花，转眼就从中国运来棉布。
棉布已成为中国在菲律宾销路最大的商品。
同样，在1680年代，中国丝绸就已威胁到西班牙产品在美洲的销路。
17世纪初，墨西哥人穿丝绸多于穿棉布。到了1637年，情况愈发严重，墨西哥的丝织业都以明朝丝为原料，墨西哥本土蚕丝基本上被消灭了。
邻近墨西哥的秘鲁也是明朝丝绸的巨大市场，明朝丝绸在秘鲁的价格只有西班牙制品价格的三分之一。
明朝丝绸不仅泛滥于美洲市场，夺取了西班牙丝绸在美洲的销路，甚至绕过大半个地球，远销西班牙本土，在那里直接破坏西班牙的丝绸生产。
马尼拉大帆船造成的经济和金融后果是，大明帝国凭借着在丝绸、瓷器等方面无与匹敌的制造业和出口，与任何国家进行贸易都是顺差。
因此，正如印度总是短缺白银，明朝则是最重要的白银净进口国，用进口美洲白银来满足它的通货需求。
美洲白银或者通过欧洲、西亚、印度、东南亚输入中国，或者用从阿卡普尔科出发的马尼拉大帆船直接运往中国。
中国往往是大帆船贸易货物的主要来源，就新西班牙（墨西哥及其附近广大地区）的人民来说，大帆船就是中国船，马尼拉就是中国与墨西哥之间的转运站，作为大帆船贸易的最重要商品的中国丝货，都以它为集散地而横渡太平洋。
在墨西哥的西班牙人，谈论菲律宾的时候，有如谈及中华帝国的一个省。
无论是澳门—果阿—里斯本航线，澳门—长崎航线，还是月港—马尼拉—阿卡普尔科航线，当时大明帝国出口的商品都是以生丝、丝绸、棉布为主，而进口的只有少量的香料之类，葡萄牙、西班牙始终处于贸易逆差之中，中国则始终处于贸易顺差之中。
贸易的不平衡，导致对方不得不支付巨额的白银货币。因此这种贸易被外国学者称为“丝—银对流”或“丝—银贸易”。
这种状况也延续到了后来的清朝，持续了近两个半世纪，美洲的白银与日本的白银大量流入